Es de conocimiento histórico que la determinación de la paternidad era una preocupación inclusive en tiempos precristianos. Es clásico el caso del hijo que Cleopatra llevó desde Egipto hasta Roma imputando su paternidad a Julio César y creando un problema político en Roma que terminó con el asesinato del propio Julio César. Desde esas épocas hasta exactamente el año1900 el «parecido físico» era el único parámetro concreto mediante el cual se podía tratar de dilucidar si un hombre era o no el padre biológico de un niño. Obviamente, éste era un método sujeto a interpretaciones muy subjetivas que sólo en casos muy específicos daba resultados creíbles para la comunidad.

Los desarrollos más importantes para resolver estos problemas recién se empezaron a dar en el Siglo XX: a) Cuando Karl Landsteiner en el año 1900 describió el sistema de grupos sanguíneos ABO (antígenos tipo A ó tipo B que podían o no estar asociados a los glóbulos rojos) y b) Cuando varios años después (hacia 1915) la comunidad científica reconoció y aceptó que la forma de heredar dichos antígenos seguía un patrón descrito a fines del siglo XIX por Gregor Mendel en sus experimentos con vegetales. El patrón mendeliano de la herencia del sistema ABO fue dilucidado por Felix Bernstein en 1924.

La determinación de paternidad mediante el análisis de los grupos sanguíneos ABO fue utilizada por primera vez de manera legal en Alemania en 1924. Tal fue el furor del análisis que se llegó a procesar más de 5,000 casos legales sólo entre 1924 y 1929. Los tribunales de Italia, Escandinavia y Austria siguieron pronto el ejemplo de Alemania. Recién en 1937 la American Medical Association aprobó el uso de esta técnica en los EE.UU., aunque ya en 1931 se había dado el primer caso de paternidad (Commonwealth vs Zammarelli) ventilado en tribunales de los EE.UU.

La utilidad de la determinación de paternidad mediante la comparación de los grupos sanguíneos del padre presunto, la madre y el niño(a) se notaba fundamentalmente en los casos de exclusión. En estos casos la probabilidad de paternidad era de exactamente cero por ciento. Sin embargo, en grupos humanos de poca variabilidad étnica la preponderancia local de ciertos tipos de grupos sanguíneos hacía que en la mayoría de los casos sólo se concluyera «que el hombre era probable que pudiera ser el padre biológico de la criatura». Sin embargo, mientras más común era el tipo sanguíneo del padre presunto en el grupo étnico de la localidad, menor era su probabilidad de paternidad.

Entre los años 1940 y 1970 ocurrieron avances importantes pues Levine y Stetson en 1940 descubrieron el sistema Rh y en años sucesivos nuevos subgrupos sanguíneos empezaron a ser descritos . Sin embargo, aún persistía el problema de que lo que único que se podía saber con 100% de certeza era si el padre presunto en efecto NO era el padre biológico; es decir si aquel era excluido como padre. La metodología disponible hasta entonces no hacía posible designar con ningún grado de certeza importante si un padre presunto SÍ era en efecto el padre biológico (caso de inclusión).

El descubrimiento de los antígenos asociados a los glóbulos blancos llamados sistema HLA (Human Leukocyte Antigen) permitió que hubiera un método más sofisticado para determinar paternidad ya que estos también seguían un patrón hereditario mendeliano. Sin embargo, recién cuando se pudo usar la tecnología del ADN aplicada a los antígenos HLA se pudo conseguir probabilidades de paternidad que se aproximaban al 80%. Sin embargo, este era un valor aún insuficiente para contar con la capacidad de designar inequívocamente al verdadero padre biológico.Es importante resaltar que hoy en día hay algunos laboratorios que equivocadamente persisten en ofrecer pruebas de HLA hechas por ADN para determinación de paternidad, siendo la verdera utilidad actual de este método el determinar histocompatibilidad previa a transplantes de órganos.

En 1985 se describió por primera vez el uso de la técnica conocida como RFLP (restriction fragment length polymorphisms) para análisis de paternidad. En esta técnica, se utiliza enzimas llamadas de restricción [por ejemplo, HaeIII] para cortar el ADN en sitios previamente conocidos por su gran variabilidad (regiones hipervariables) en la búsqueda de una secuencia específica. Los fragmentos resultantes se colocan en una matriz hecha de un gel. Una corriente eléctrica se aplica al gel y los fragmentos (que tienen carga negativa) migran a lo largo del gel (dirigiéndose al polo positivo), de manera tal que los fragmentos pequeños logran movilizarse más lejos, y los fragmentos más grandes son más lentos. Los fragmentos así separados son transferidos a una membrana de nylon, la cual es luego expuesta a una sonda de ADN marcada [la cual es un pequeño segmento sintético de ADN que reconoce específicamente – y por tanto se une específicamente – a un segmento único (locus)del ADN de la persona que se está examinando].

La técnica RFLP se sigue usando en algunos laboratorios pero tecnológicamente hoy en día es considerada prácticamente obsoleta por una serie de razones. Hoy en día – y desde mediados de los 1990s – la técnica que es considerada como tecnología de punta es la que hace uso de la hipervariabilidad natural de ciertas regiones «silenciosas» del ADN conocidas como STR (short tandem repeats).

BioGenómica y su laboratorio principal en Chapel Hill, EE.UU. han unido esfuerzos y ofrecen ahora para el Perú la metodología para determinar paternidad más precisa, exacta y específica del mundo. Se trata de una variación patentada del análisis de regiones STR amplificadas por la técnica de PCR (polymerase chain reaction).